Bali liegt ebenso wie ganz Indonesien in einer seismisch aktiven Zone. Seit Ende November 2017 ist der Vulkan Agung auf der Insel wieder aktiv. Ferner können auch Erdbeben, Seebeben und Tsunamies auftreten. Die balinesischen Sicherheitsvorschriften, wie die Einhaltung von einem Sicherheitsabstand von mindestens 4 Kilometern rundum diesen Vulkan und das Fernbleiben dieser Gefahrenzone, sind unbedingt einzuhalten. Es wird weiterhin empfohlen, Trekkingtouren, Bergbesteigungen und Tauchgänge ausschließlich in Begleitung mit ortskundigen, fachlich versierten und absolut zuverlässigen Führern durchzuführen.
Indonesien ist ein islamisch geprägtes Land, weswegen auf Bali als hinduistisch geprägte Region eine besondere Vorsicht gegenüber möglichen terroristischen Anschlägen geboten ist, insbesondere zur islamischen Fastenzeit Ramadan und an hinduistischen, buddhistischen, chinesischen sowie christlichen Feiertagen.
Als ein tropisches Gebiet, sind für und auf einer Balireise zum Schutz der Gesundheit entsprechende Vorsichtsmaßnahmen zu ergreifen. Dazu gehören vor allem die Standardimpfungen sowie Impfungen gegen Hepatitis A und gegebenenfalls auch gegen Hepatitis B, die Japanische Encephalitis, Tollwut und Typhus.
Vor möglichen Infektionen, die von Mücken übertragen werden, wie das in Indonesien weitverbreitete Denguefieber, Chikungunyafieber und Malaria gilt es, sich durch entsprechende Barrieren (lange helle Kleidung, Insektenschutzmittel und imprägnierte Moskitonetze) zu schützen.
Auf Bali und in Indonesien allgemein kommen ferner Zika-Virus-Infektion (gefährlich für Schwangere und geplante Schwangerschaften), Durchfallerkrankungen, HIV/Aids, Tuberkulose, die Japanische Enzephalitis (JE), Tollwut und die Geflügelpest vor, vor denen es sich entsprechend zu schützen gilt.